Die Finanzierung von NPR erfolgt nicht über
Rundfunkgebühren, sondern in der Hauptsache über Sponsoring von Firmen und Stiftungen
(„underwriting spots“), die innerhalb der Programme auch namentlich genannt werden, über Spenden von Hörern an ihre lokale Station sowie über den Verkauf von Merchandising
(NPR Shop) und Sendemanuskripten. In geringem Umfang gibt es auch indirekte finanzielle Zuwendungen der Bundesregierung in Washington D. C. – über Stiftungen und nachgeordnete Einrichtungen wie der
Corporation for Public Broadcasting (CPB), welche etwa ein bis zwei Prozent des Jahresbudgets ausmachen.
In dem Blueprint seines Haushaltes für 2018 plant Präsident Trump, die Finanzierung der CPB in Gänze auslaufen zu lassen. Im Verhältnis zum Finanzierungsplan von 2014 büßte NPR lediglich 1 Prozent seiner Gesamtfinanzierung ein. Jedoch wären die zahlreichen regionalen und lokalen NPR-Partner im ländlichen Amerika teilweise so stark betroffen, dass einige ihren Sendebetrieb einstellen müssten. Sie versorgen vor allem unterprivilegierte Hörergruppen mit nicht-kommerziellen Programmen und finanzieren sich zu 40 bis 50 Prozent aus Mitteln der CPB.