Bei Hertha hat es wohl etwas damit zu tun, dass Hertha als typischer Name für eine Tante gilt, und Hertha daher oft als "alte Tante" bezeichnet wird (was ja heutzutage im Wesentlichen auch den spielerischen Leistungen entspricht). Bei Bayer sehe ich tatsächlich auch die Verwechslungsgefahr mit Bayern, aber es kommt noch etwas hinzu: Meiner Meinung nach ist es ein himmelweiter Unterschied, ob ein Verein schon seit über 100 Jahren seinen Namen trägt, weil er mal als Betriebssportgruppe des Unternehmens ins Leben gerufen wurde, oder ob er lediglich irgendwo als Marketingmaßnahme gegründet wurde, ohne mit dem Standort irgendwas zu tun zu haben.
Eine ähnliche Frage stellt sich ja, wenn man überlegt, wie man in den Medien mit Veranstaltungsstätten umgehen soll, die ihren Namen verkauft haben. Damit wird man ja zum Werber für irgendwelche Firmen, die einen dafür noch nicht mal bezahlen. Auf Deutschlandfunk Kultur wird in der Regel von der "Multifunktionsarena am Berliner Ostbahnhof" gesprochen, weil man den Namen "Uber" nicht in den Mund nehmen möchte.
Matthias